CRISPR-CAS9 como ferramenta para edição do gene IT-15 na Doença de Huntington / CRISPR-CAS9 as a tool for IT-15 gene editing in Huntington's Disease


Laboratório de Biologia Molecular, Centro Universitário da Fundação Hermínio Ometto (FHO), Araras, São Paulo, Brasil
Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP/EPM, São Paulo, São Paulo, Brasil

Abstract

Huntington's disease (HD) is a neurodegenerative, autosomal dominant and hereditary disease that occurs due to a genetic mutation that generates a repetitive sequence of CAG trinucleotides present in the IT-15 gene, huntingtin gene, located on chromosome 4. The objective was to review Huntington's disease (HD) neuropathology and the CRISPR-Cas9 method to silence the IT-15 gene and thus verify the consequence in the HIP14 and HAP1 genes which have interaction with the mutated huntingtin and the result of this in the patient's organism. Articles were searched in indexed databases (Scielo, PubMed and LILACs) with the following descriptors: ((Huntington) OR (Huntingtin Protein)) AND (gene editing). The online tool GeneMania, open access, was also used to analyze probabilities and gene interactions. The silencing of the IT-15 gene causes changes in proteins that interact with the mutated Huntingtin, leading to disturbances in several processes.

Keywords

Genetic diseases, Huntingtin protein, CRISPRs

Resumo

A Doença de Huntington (DH) é uma doença neurodegenerativa, autossômica dominante e hereditária que ocorre devido a uma mutação genética que gera uma sequência repetitiva de trinucleotídeos CAG, presentes no gene IT-15, gene da huntingtina, localizado no cromossomo 4. O objetivo foi revisar a neuropatologia da doença de Huntington (DH) e a utilização do método CRISPR-Cas9 para silenciar o gene IT-15 e verificar assim, a consequência nos genes HIP14 e HAP1, que possuem interação com a Huntigtina mutada e o resultado desta no organismo do paciente. Foram pesquisados artigos em bases indexadas (Scielo, PubMed e LILACs) com os seguintes descritores: ((Huntington) OR (Proteína Huntingtina)) AND (edição gênica). Também foi utilizada a ferramenta on line GeneMania, acesso livre, para análise de probabilidades e interações gênicas. O silenciamento do gene IT-15 acarreta alterações nas proteínas que interagem com a Huntingtina mutada, levando a perturbações em diversos processos.

Informações Gerais

Submetido em 7 de julho de 2020, aceito em 22 de setembro de 2020, publicado em 2 de dezembro de 2020

*Autor de correspondência: Laboratório de Biologia Molecular, Centro Universitário da Fundação Hermínio OmettoAv. Dr. Maximiliano Baruto, 500. Jardim Universitário. Araras, SP, Brasil | CEP 13607-339

Este estudo foi realizado no Centro Universitário da Fundação Hermínio Ometto (FHO). Parte do trabalho foi apresentado em forma de resumo no 15° Congresso Científico, 12° Congresso Internacional, 14° Congresso de Iniciação Científica PIBIC – CNPq da FHO.

https://doi.org/10.21876/rcshci.v10i4.1016

Como citar este artigo: Godoy LA, Bomfim FRC. CRISPR-CAS9 como ferramenta para edição do gene IT-15 na Doença de Huntington. Rev Cienc Saude. 2020;10(4):10-15. https://doi.org/10.21876/rcshci.v10i4.1016

2236-3785/© 2020 Revista Ciências em Saúde. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob uma licença CC BY-NC-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.pt_BR)

Introdução

A doença de Huntington (DH), também denominada Coréia de Huntington, sendo “khoreia” uma palavra derivada do grego que significa dança, e remete ao quadro clínico dos movimentos involuntários que são parecidos com passos de dança1. É classificada como uma doença neurodegenerativa, autossômica e hereditária, em que a sintomatologia pode surgir em qualquer fase da vida, sendo mais comum entre a quarta e quinta década de vida2.

A DH leva o nome do seu descobridor, George Huntington, o pioneiro no século XIX a notar e descrever as características mais marcantes da doença: sua tendência gradual a insanidade que pode acarretar o suicídio, a natureza familiar e a circunstância de se manifestar na vida adulta2. Porém, apenas em 1993 a mutação gênica causadora da DH foi descoberta pelo Hereditary Disease Foundation3.

A doença tem uma prevalência que varia geograficamente, de 0,40/100.000 habitantes em populações asiáticas a 13,7/100.000 em ocidentais4. DH é apontada com uma distribuição mundial e ocorre em todas as raças e etnias2.

A mutação gênica acontece no IT-15, o gene codificador da proteína Huntingtina (HTT) que está presente no braço curto do cromossomo 4, sendo identificado como uma das suas funções o transporte de vesículas no meio intracelular. A expressão ocorre simultaneamente em vários lugares, entretanto a morte celular acontece no cérebro. A mutação leva a expansão instável do trinucleotídeo CAG na região codificante do IT-15, também denominado gene HD2, 3, 5.

Duzentas e trinta e quatro proteínas foram identificadas em associação com a Huntingtina, dentre elas estão a HIP14 (huntingtin-interacting protein 14 ou ZDHHC17) e a HAP1 (huntingtin-interacting protein 1, huntingtin-associated protein), proteínas que participam, respectivamente, da palmitoilação da cisteína e de diversos processos, como a ciliogênese e o transporte de organelas, sendo a segunda proteína encontrada em maior parte nos núcleos da base cerebrais, o que levou a presumir o envolvimento desta proteína na neuropatologia da DH1, 6.

Existem diversos estudos para retardar a progressão da DH, dentre elas, está a utilização do sistema CRISPR-Cas9, uma das ferramentas de edição do genoma, cujo mecanismo de ação consiste no reconhecimento do material genético invasor e integração do mesmo ao seu material genético, através de um dos três mecanismos: inserção, deleção ou silenciamento gênico. O sistema é voltado principalmente para doenças monogênicas, como é o caso da DH4, 7, 8.

O objetivo desta revisão literária foi elucidar os mecanismos de edição do gene IT-15 utilizando como método o sistema CRISPR-Cas9 e sua possível consequência em dois outros genes, HAP1 e HIP14/ZDHHC17, que possuem interação com o gene HTTm.

Desenvolvimento

Metodologia

Esta revisão integrativa da literatura foi realizada de acordo com as recomendações do Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA), sendo incluídos estudos envolvendo mecanismos de edição gênica por CRISPR/Cas9. A busca foi realizada nas bases de dados Scielo, PubMed e LILACs com os seguintes descritores, de acordo com os Descritores em Ciências da Saúde (DeCS) ou o Medical Subject Headings (MeSH): ((Huntington) OR (Proteína Huntingtina)) AND (edição gênica) e ((Huntington) OR (Huntingtin protein)) AND (Gene editing). Foram considerados artigos de acesso aberto, publicados em português, inglês ou espanhol. Não foram estabelecidos limites para o ano de publicação dos artigos com as palavras-chave. A busca resultou em 63 artigos, sendo selecionados 26 para realização da revisão de literatura. Adicionalmente, para análise de interações gênicas foi utilizada a ferramenta on line GeneMania (disponível em: https://genemania.org/) para análise dos mecanismos relacionados ao IT-15, HAP1 e HIP14/ZDHHC179. Para tal, foi inicialmente inserido o gene de interesse, IT-15 e os genes de maior interação foram selecionados para complementação da revisão de literatura. Frente ao exposto, este trabalho foi dividido em três eixos temáticos: Doença de Huntington, manifestações clínicas e o tratamento convencional e edição pelo sistema CRISPR-Cas9.

Doença de Huntington

A doença de Huntington (DH) é transmitida de forma autossômica dominante, o que significa que pelo menos um progenitor do indivíduo acometido é portador da doença, sendo que cada filho de um portador possui 50% de chance de herdar a mutação e desenvolvê-la5.

Sua fisiopatologia é descrita como um distúrbio neuropsiquiátrico gradual, levando às modificações cognitivas, motoras, perceptivas e comportamentais5. Na neuropatologia é descrita a disfunção e morte dos neurônios. Os pacientes, além dos sintomas relacionados ao sistema nervoso central, também podem apresentar distúrbios imunológicos e metabólicos, perda de peso e osteoporose10.

O gene IT-15 está localizado no braço curto do cromossomo 4, próximo a região telomérica, possui 67 éxons e codifica a proteína Huntingtina (HTT) Figure 1. A mutação nesse gene leva à expansão instável de repetições do trinucleotídeo CAG na extremidade 5’, que corresponde ao aminoácido glutamina1.

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Figure 1: Representação do cromossomo 4 e região codificante do IT-15 na extremidade superior do braço curto (p). Fonte: https://www.news-medical.net/health/What-is-Chromosome-4-(Portuguese).aspx

A sequência CAG codifica o aminoácido glutamina e a sua expansão leva à formação de cadeias poliglutamínicas (PoliQ)11. As repetições CAG possuem uma variação dentro da normalidade, sendo esse número entre 9 e 34, enquanto na DH esse número é maior que 40 repetições da sequência de trinucleotídeos. O número que repetições está relacionado com a precocidade da manifestação da doença sendo que, quanto maior o número, mais precoce será a manifestação clínica2. Indivíduos assintomáticos apresentam número menor que 35 repetições CAG, entre 35 e 39 repetições são observadas nas formas tardias da doença e quando observadas de 40 a 50 está relacionada a forma adulta da DH. Manifestações precoces e juvenil dos sintomas surgem quando ocorrem repetições mais longas, acima de 50 trinucleotídeos3.

Durante a meiose, o alelo mutado é muito instável, alterando o seu comprimento na maioria das transmissões entre gerações, aumentando de 1-4 unidades ou com decréscimo de 1-2 unidades no trinucleotídeo CAG. Expansões maiores são raras e estão ligadas à transmissão paterna, levando a uma maior taxa de mutação no decorrer da espermatogênese, sendo classificada como uma doença monogênica12, 13.

A proteína Huntingtina mutada (HTTm), como consequência da série de repetições, apresenta resíduos de glutamina alinhados no terminal amínico3. A proteína apresenta maior resistência à degradação e fragmentação proteica que leva a aumento nas cadeias poliglutamínicas, estes que formam agregados citoplasmáticos que se depositam gerando resíduos tóxicos que acarretam na degeneração do axônio2. Além desse mecanismo, a neurodegeneração pode ser causada por anomalias na interação proteína-proteína, expressão gênica alterada, sistemas celulares lisossomais e ubiquitina-proteossômico desregulados, acumulação de espécies reativas de oxigênio (ERO) e apoptose causadas pela disfunção mitocondrial14.

Manifestações clínicas e o tratamento convencional

As manifestações clínicas da DH são caracterizadas pelo distúrbio gradual que leva às alterações motoras e emocionais, acarretando um prejuízo cognitivo ao paciente. A atrofia dos gânglios da base causada pelas lesões em vários tecidos, oriundas da alteração do transporte celular, alteração da transcrição, formação de corpos de inclusão intracelulares e apoptose da HTTm, conduz às manifestações clinicas2.

A sintomatologia da DH apresenta-se, inicialmente, por falta de interesse pelas atividades cotidianas e irritabilidade, que com o passar do tempo evoluem para a falta de equilíbrio e hiperatividade. A demência é manifestada através das alterações de personalidade, emocionais e perda de memória1.

O sinal clinico mais comum e que remete à sua denominação é a “coréia”, sintomas que ocorrem devido a alteração do sistema nervoso central (SNC) e são descritos como movimentos involuntários e em forma de ondas, no sentido distal para proximal, afetando a marcha, o movimento de extensão e flexão dos dedos, cruzar e descruzar as pernas e alguns sintomas faciais, como contração muscular e elevação da sobrancelha. O paciente também pode apresentar declínio da cognição que leva a dificuldade de planejar e executar tarefas. Também é comum a presença de sintomas psiquiátricos como a depressão, ansiedade, apatia, que muitas vezes resultam em tentativa de suicídio5.

O tratamento convencional baseia-se no uso de fármacos da classe dos neuropléticos que bloqueiam os receptores de dopamina ou provocam depleção nos terminais monoaminérgicos, atuando sobre o sintoma de coréia e sobre os distúrbios comportamentais, entretanto o uso dessa classe de fármacos pode trazer reações adversas15. O fármaco mais utilizado foi aprovado em 2008 para uso nos Estados Unidos, a tetrabenazina (TBZ) é um depletor seletivo de dopamina por via da inibição do transporte de monoaminas16. Em relação aos sintomas de apatia e depressão, estes podem ser tratados com inibidores de recaptação da serotonina e antidepressivos17. Até hoje nenhuma droga mostrou-se capaz de interromper ou retardar a evolução da patologia, entretanto muitos dos sintomas podem ser melhorados15.

Outro tipo de tratamento utilizado é o não farmacológico, que envolve uma equipe multiprofissional, composta por enfermeiros, fonoaudiólogos, fisioterapeutas, conselheiros genéticos e terapeutas ocupacionais, que irão auxiliar na melhora da qualidade de vida do paciente portador de DH2.

Edição pelo sistema CRISPR-CAS9

   O reconhecimento de que a proteína HTT mutante desencadeia a doença tem levado à busca do silenciamento gênico como um potencial caminho terapêutico18. Estudos demonstram que a HTTm interage de maneira não habitual com várias proteínas formando agregados proteicos que podem ocasionar a desregulação de vias de sinalizações intracelulares importantesFigure 2 2.

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Figure 2: Interação entre o gene codificador da Huntingtina, HAP1 e HIP14/ZDHHC17 com outros genes. Fonte própria.

A formação dos agregados proteicos está relacionada com a interação frágil entre a HTTm e a HIP14 (huntingtin-interacting protein 14) (ZDHHC17) o que leva à diminuição da palmitoilação da cisteína 214. A agregação também acontece devido a interação da HTTm com a palmitoil-transferase da HIP1419.

O HTT, ao interagir com HAP1 indiretamente, e com a dineína diretamente, controla o tráfego de organelas tanto no sentido retrógrado e anterógrado, quanto nos axônios e dendritos dos neurônios10. A interação entre HTTm e HAP1 (huntingtin-interacting protein 1, huntingtin-associated protein) acarreta em uma perturbação no transporte axonal de um fator neurotrófico que é essencial para o sustento dos neurônios estriatais, o brain derived neurotrofic fator (BDNF)20. A proteína HAP1 está localizada em grande escala no cérebro e com grande seleção para os núcleos da base, podendo sugerir uma responsabilidade pela patogenia da DH com comprometimento cerebral21.

O CRISPR é um sistema que possui como mecanismo a projeção do RNA guia para reconhecimento da sequência do DNA que será o alvo das modificações. Inicialmente, as bases nitrogenadas precisam ser pareadas para simultaneamente também ocorrer o pareamento da região PAM (protoespaçador) do RNA guia com a sequência-alvo, e assim, algumas modificações são inseridas22.

Para fins terapêuticos a enzima nuclease Cas9 é combinada com um RNA guia, como crDNA e tracDNA, clivando a dupla fita do DNA em regiões mal pareadas. Posteriormente à clivagem, a reparação pode ocorrer através da junção de extremidades não homólogas ou junção de extremidades homólogas, sendo a segunda uma técnica mais promissora por estar voltada para o nocaute, acatando as novas modificações inseridas pelo RNA guia4, 22. As modificações levam à novas mutações, acarretando em falhas na sequência, gerando proteínas não funcionais através do bloqueio da transcrição do gene em mRNA, o chamando knockout gênico7, 22. Com o CRISPR é possível corrigir a expressão de alguns genes mutantes e atenuar neuropatologias associadas ao DNA mutado23.

Para que o processo descrito acima ocorra é necessário direcionar o sistema CRISPR-Cas9 para os neurônios dopaminérgicos, utilizando como transporte até as células alvos o plasmídeo23. A excisão precisa acontecer na região promotora, responsável por iniciar a transcrição e expansão CAG, produzindo uma completa inativação da HTTm4.

Através do método ex vivo, são extraídas as células do paciente e a modificação ocorre em cultura de células por meio da transfecção destas células com o plasmídeo codificando o Cas9 e a sequência de interesse (CAG). Finalizado o processo, as células são transplantadas novamente ao paciente24, 25.

Estudos em camundongos de modelo Q140 demonstraram que a utilização do CRISPR-Cas9 voltado para o silenciamento, reduziu a proteína HTTm, e atenuou o fenótipo comportamental da patologia, contudo, não foi alcançada sobrevida do modelo em questão4.

As modificações no gene IT-15 poderiam não apenas gerar impactos na sua função e localização do HTTm, mas também na de outras proteínas, como é no caso do HTT interagindo com HIP14 e HIP14L (da família das palmitoil-acil transferases – PATs) e regulam o tráfico intracelular e localização sináptica de várias proteínas nos neurônios. O HTT é, ele próprio, palmitoilado em cisteína 214, e a perda de HTT e a expansão de poliglutaminas leva à uma redução na atividade enzimática do HIP14 e de sua auto-palmitoilação, afetando na atividade do HIP14 em outros substratos7.

A palmitoilação (tioesterificação do ácido palmítico em resíduos de cisteína) pela HIP14 é de extrema importância para a plasticidade sináptica no sistema nervoso central em desenvolvimento e no adulto. Defeitos nesse processo, como o silenciamento, podem levar às mudanças na excitação e influência na vida neuronal26.

Estudos demonstram que a hiper expressão da HTTm leva à uma eficácia no transporte das organelas, enquanto o silenciamento diminui a motilidade. A HTT em associação com a HAP1 e dineína também ajuda no transporte de proteínas para o material pericentriolar, necessária para a ciliogênese, sendo que na sua ausência o cílio primário não é formado10.

A utilização do sistema CRISPR-Cas9 aumenta a possibilidade da edição gênica na linhagem germinativa, diminuindo o aparecimento da DH nas famílias tratadas. Entretanto, questões éticas acompanham essa aplicação, ademais, as expansões espontâneas poderão fazer com que a DH reapareça nas famílias, sendo estas levantadas como algumas vantagens e desvantagens da edição gênica na DH Table 1 4.

Table 1: Vantagens e desvantagens da edição gênica na Doença de Huntington.

Vantagens

Desvantagens

Redução da HTTm Atenuação do fenótipo comportamental Possibilidade de edição na linhagem germinativa (diminuição de ocorrência na família)

Não alcançou sobrevida Impacto sobre as funções de outras proteínas Mudanças na excitação e influência na vida neuronal Diminuição da motilidade de organelas Edição da linhagem germinativa envolve questões éticas

Conclusão

A edição do gene IT-15 leva às alterações na tradução proteica que interage com a Huntingtina mutada, como é o caso das proteínas HIP14 e HAP1, acarretando perturbações nos processos da palmitoilação da cisteína, transporte de organelas e ciliogênese. Devido a essas alterações é necessário balancear os riscos e benefícios que a edição trará ao paciente, visto que pode não tratar os sintomas do paciente, mas gerar mais disfunções celulares em decorrência da interação da HTTm com outras proteínas. Faz-se ainda necessário o entendimento completo da fisiopatologia da DH no que concerne aos efeitos secundários de uma possível edição gênica do ponto de vista clínico.

Informações Adicionais

Conflitos de interesse: Os autores informam não haver conflitos de interesse relacionados a este artigo.

Contribuição individual dos autores:

Concepção e desenho do estudo: LAG, FRCB

Coleta de dados: LAG, FRCB

Análise e interpretação dos dados: LAG, FRCB

Redação do manuscrito: LAG

Revisão crítica do texto: FRCB

Aprovação final do manuscrito: LAG, FRCB

Análise estatística: Não se aplica

Responsabilidade geral pelo estudo: FRCB

Informações sobre financiamento: Não se aplica

*Todos os autores leram e aprovaram a versão final do manuscrito submetido para publicação da Rev Cienc Saude.

Informações sobre financiamento: não se aplica.